Debido a la complejidad del estudio de los ríos, en ocasiones estos se dividen en tramos, diferenciándose características particulares para cada tramo. En otros casos los modelos de funcionamiento de los ríos propuestos por los ecólogos fluviales no los disgrega en tramos, sino que analizan su funcionamiento como el de un sistema continuo que exporta agua, nutrientes, sedimentos y seres vivos de la cabecera hacia la desembocadura.
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Como en cualquier otro ecosistema, en un río debemos distinguir entre la estructura del sistema y su funcionamiento. Por estructura nos referimos a las piezas que lo forman. Estas se pueden clasificar en tres componentes: la comunidad biológica, los recursos materiales y energéticos y el hábitat físico.
Igual que en un coche también reconocemos piezas, componentes que lo forman, y un recurso energético que lo hace marchar, el combustible, lo que hace en esencia el concepto de coche es la relación entre estas piezas que lo hacen funcionar para que se mueva. En los ecosistemas también entendemos la existencia de un conjunto de relaciones entre las componentes que lo forman que lo hacen funcionar. Esto supone la existencia de procesos biológicos, como puede ser la reproducción, las relaciones de alimentación entre unos seres y otros o las migraciones; procesos físicos como el flujo del agua y la erosión; y procesos químicos como la descomposición de la hojarasca, o la dilución de los nutrientes, que son los que controlan el funcionamiento y permiten definir a los ríos como sistemas vivos que albergan uno de los conjuntos de hábitats y diversidad biológica más elevado del planeta. Las relaciones funcionales entre las partes que componen el ecosistema fluvial regulan el flujo de materias y de energía que lo atraviesa.
Debido a la complejidad del estudio de los ríos, en ocasiones estos se dividen en tramos, diferenciándose características particulares para cada tramo (ver Zona longitudinal de los ríos). En otros casos los modelos de funcionamiento de los ríos propuestos por los ecólogos fluviales no los disgrega en tramos, sino que analizan su funcionamiento como el de un sistema continuo que exporta agua, nutrientes, sedimentos y seres vivos de la cabecera hacia la desembocadura (ver El río como un contínuo).
Los componentes de un ecosistema fluvial pueden ser físicos o biológicos, agrupándose estos a su vez en distintas categorías. Así, por ejemplo, las partículas que forman el lecho, el fondo del río, se pueden clasificar según su tamaño en limos, arenas, gravas, cantos, bolos.
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