Los pantanos o ciénagas, son un tipo de humedales que se forman en lugares planos con aguas estancadas y poco profundas. En ellos crece una vegetación acuática a veces muy densa y se encuentran diversas especies de plantas acuáticas flotantes y sumergidas. Los pantanos son muy importantes para algunas aves migratorias que en ellos encuentran refugio y alimento.
La vegetación acuática de las zonas pantanosas de México ha sido poco estudiada, a pesar de que representa una de las más importantes muestras de la flora vascular acuática de Meso américa. Tan solo en la Reserva de la Biosfera Pantanos de Centla se han registrado 569 especies de plantas vasculares acuáticas.
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Entre las especies de plantas que se pueden encontrar en diversos tipos de pantanos, hay plantas resistentes a las inundaciones están Typha latifolia (hierba que se arraiga al sustrato); chingle (Cyperus articula-tus), la siba (Claudia salmanticense), además de Hidrocele umbellatus, articula tus, . singulariza, Fimbristylis spadiaceae, Eleocharis geniculata, y E. celulosa. También hay plantas flotantes como Hornijera crassipes (jacinto), Lemnia minor (oreja de ratón), Nymphaea amplia, y N. odorata (hoja de sol),
En los pantanos se encuentran cigüeñas, jabirús, espátulas, flamencos, halcones, patos, manatíes, jaguares (en el sur de México), tortugas, cocodrilos y otros reptiles como iguanas y garrobos. Ranas, insectos y crustáceos como cangrejos, camarones y acamayas; así como peces como los peje-lagartos y mojarras. Una de las zonas pantanosas más importantes de México son los Pantanos de Centla, que pertenece al sistema de áreas naturales protegidas del país.
Muchos de los humedales de México se consideran de importancia global y forman parte de la Convención RASAR que busca la conservación y el uso racional de los humedales y sus recursos. Los humedales son ecosistemas particularmente vulnerables a la pérdida de hábitat, contaminación, erosión, sedimentan e introducción de especies exóticas. Entre las principales causas naturales de reducción de humedales están la sequía, las tormentas, el hundimiento del suelo y la elevación del nivel del mar. En los humedales de agua dulce, la presión de la agricultura de riego y la sobre explotación de los acuíferos han sido la causa de la desecación de un buen número de ellos. El cambio climático global representa una gran amenaza para los humedales debido a su vulnerabilidad
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